Biserica a fost construita intre anii 1720-1722 de catre Iordache Kretzulescu (1680-1746), fiul marelui logofat Pirvu si de catre sotia sa Safta. Crescut la curtea lui Constantin Brancoveanu, se casatoreste, pe la 1700, cand era postelnic, cu Safta Brancoveanu, a patra din fiicele domnului. Fiind loc domnesc Constantin Brancoveanu a dat carte de stapanire „din ulita cea mare la vale stinjeni 28” iar „pe linga podul ulitei cea mare stinjeni 21”. In martie 1722 Nicolae Macrovordat darulieste bisericii „inca sinjeni 19 din pamintul domnesc care mergea linga podul ulitei celei mari, in sus, pina in ulicioara pe linga casa lui Voicu Fistu Seimeanul”. Pe acest loc biserica va fi inconjurata cu case si pravalii. La sfarsitul secolului XVIII-lea manastirea Kretzulescu se afla la marginea orasului avand bariera in apropiere cam pe locul unde astazi este aripa sudica a Palatului Regal. Putul cu zala disparuse si el ramanand doar in amintirea locuitorilor. Mai departe erau vii, livezi si case raslete. In anul 1815 biserica a fost reparata partial. Cutremurul din 1838 i-a stricat „foarte rau” bolta si un „turn”. Hanul, de asemenea avariat, ameninta sa se prabuseasca. La 1846, calatorul rus Uspenski arata ca biserica era veche si urata. Hanul este refacut in anii 1851-1852, iar biserica este restaurata in 1859-1860. In anul 1852, hanul este trecut in planul orasului, printre cele 10 hanuri „de capatenie” din Bucuresti. In acelasi plan hanul arata a fi avut forma unui dreptunghi, situat de-a lungul Podului Mogosoaiei. In 1862, preotul Musceleanu precizeaza ca hanul ave aetaj. Cu numele de hanul Kretzulescu de pe Podul Mogosoaiei este pomenit si la 1877. Pana in 1938, asa cum apare in fotografiile de epoca, hanul era o cladire impunatoare avand la mijloc un turn cu ceas. Pe sub acest turn era asigurat accesul in curte. Hanul Kretzulescu era asigurat intre Pasajul roman si strada Sfantul Ionica, strada care cobora la stanga pe langa zidul de nord, despartind hanul de Palatul Regal. La fatada spre Podul mogosoaiei (Calea Victoriei) hanul era dotat cu magazine elegante de galanterie care desfaceau articole importate in special din Franta. In anul 1938, in urma lucrarilor efectuate pentru extinderea curtii Palatului Regal, dispar atat cladirile hanului Kretzulescu cat si strada Sfantul Ionica. Biserica Kretzulescu a fost restaurata in anii 1859-1860 in stil neoclasic. Cu acest prilej biserica a fost transformata, pridvorul a fost astupat si s-a construit o turla din lemn acoperita cu tabla. Tot atunci fresca din interior a fost acoperita cu o pictura in ulei de catre Gheorghe Tattarescu. Pictura din pridvor a ramas insa cea originala, fapt dovedit de existenta a doua insemnari din 1758 si 1802, care ar fi fost acoperite daca pictura era refacuta. Ca pe o curiozitate, trebuie mentionat ca fresca din pridvor prezinta scene din Apocalipsa, neobisnuite in iconografia neo-bizantina.

Vechea zugraveala din 1722, a fost scoasa la iveala de sub pictura lui Gheorghe Tattarescu, in timpul restaurarii din 1935-1936 (1933-1939). In 1932 eforii Emanoil si Nicolae Cretulescu, urmasii ctitorului, nemultumiti de aspectul si starea ei, au hotarat sa o reinnoiasca, fie prin restaurare, fie prin refacere totala. La instistentele staruitoare ale arhitectului Paul Emil Miclescu- convins de mentinerea vechii arhitecturi sub imbracamintea tencuielii moderne- au fost incercate cateva sondaje care au scos la iveala coloanele de piatra ale fostului pridvor si au dovedit existenta unei picturi in fresca acoperite de pictura in ulei, opera lui Tattarescu in 1860. Fata de aceste rezultate eforii au hotarat sa inceapa restaurarea cerand concursul Comisiunii Monumentelor Istorice. Dupa generalizarea cercetarilor si intocmirea proiectului, lucrarile au fost pornite in 1934 si au luat sfarsit in 1939. Pictura interioara in fresca readusa la lumina in urma indepartarii picturii in ulei din 1861, a fost restaurata tot atunci, fiind curatita si consolidata fara a fi reintregita, scenele pastrate fiind incadrate in zone de tencuiala simpla, dupa principii inca pe atunci, in tara noastra. Partea a doua a restaurarii, cuprinzand refacerea turlelor si a bazelor disparute, a avut un specific diferit, fiind in oarecare masura mai legate de aportul personal al restauratorului . Lucrarile de restaurare au fost efectuate in regia Eforiei Bisericii Kretzulescu, de catre arh. Stefan Bals si Paul Em. Miclescu. Cu acest prilej i se deschide pridvorul si i se face turla din zid, in locul celei de lemn. Totodata se scoate le lumina fresca aflata sub pictura lui Ghe. Tattarascu. Din pictura de Tattarascu au fost mentinute portretele ctitorilor. Lucrari de restaurare s-au facut din nou dupa cutremurul din anii 1940, in anii 1942-1943. Edificiu de inalta valoare plastica, in care coexista elemente de factura gotico-moldava cu elemente brancovenesti, biserica Kretzulescu a fost conctruita pe un plan treflat, cu o turla pe naos si clopotnita pe pronaos, care capata aspecul unei a doua turle. Planul este amplu si bine proportionat datorita absidelor laterale, proeminente, care echilibreaza supralargirea pronaosului. Fatada este impartita in doua registre de panouri marginite din caramizi rotunjite, despartite de un brau. Registrul inferior are panouri dreptunghiulare obisnuite cu ciubuce duble, iar cel superior are panouri marginite cu ciubuce simple terminate in arc frant, peste care, in dreptul picioarelor verticale se mai afla un sir de arcuri frante, mai mici, rezemate pe celelalte. Braul, reconstruit dupa un fragment existent al celui original, este decorat cu un frumos motiv floral, specific artei brancovenesti. In ceea ce priveste decorul exterior trebuie facute cateva precizari. In timpul restaurarilor din 1935-1936, analizandu-se modul de punere in opera a caramizilor si calitatea lor, s-a ajuns la concluzia ca fatadele au fost tencuite cu o tencuiala subtire de circa 5 mm., peste caramizile cu rosturi sterse. Cum pe o astfel de zidarie o noua tencuiala nu ar fi facut aderenta decat daca s-ar fi curatat vechea zidarie, s-a renuntat le aceasta tencuiala, exteriorul ramanand in caramida aparenta. Tencuiala distrusa in timpul restaurarii din 1859, nu se reface in urma analizei si propunerii facute de catre arh. Horia Teodoru.

Transformarile edilitar-urbanistice ale perioadei interbelice, din zona pietei Palatului Regal, au afectat si aspectul zonei ocupate de biserica si hanul Kretzulescu. Intr-o prima faza, pana in anul 1938, prin extinderea gradinii Palatului Regal, dispare tronsonul din strada Sf. Ionica, cuprins intre hanul Kretzulescu si palat. Ca un fapt demn de a fi amintit este si acela ca in aceasta zona exista un local binecunoscut bucurestenilor. Pe strada Sf. Ionica, in curtea caselor fabricantului Albricht, intr-o casa de paianta se deschisese in 1904, restaurantul „Enescu”. Acest local a fost renumit pentru tarafurile care au cantat aici si din care au facut parte Cristache Ciolac, Nicolae Buiga, Grigoras Dinicu si Vasile Budisteanu. In 1934, restaurantul „Enescu”, care intre timp devenise un frumos local cu doua sali mari si mai multe salonase, isi inchide portile, asteptand sosirea daramatorilor, dupa cum atat de nostalgic ne prezinta momentul Gh. Crutzescu in lucrarea sa „Podul Mogosoaiei – Povestea unei strazi”. Dupa anul 1938 zona respectiva sufera transformari radicale. Sunt elaborate de catre Primaria Municipiului Bucuresti o serie de planuri privind sistematizarea zonei Palatului Regal. In anul 1938 este demolata cladirea hanului Kretzulescu. Ulterior este construit, de catre arh. G.M.Cantacuzino, blocul la parterul caruia se gaseste libraria „Dacia”, fosta librarie Buchholz. Pentru biserica Kretzulescu se creeaza un spatiu aerisit cu o frumoasa perspectiva. In planul din 1934 se dorea chiar si o deschidere pentru Palatul Regal catre gradina Cismigiu. In linii mari planul elaborat in 1940 a stat la baza transformarilor urbanistice ulterioare celui de al doilea razboi mondial. Din vechiul peisaj al zonei Palatului Regal au disparut pe rand: str. Sf. Ionica, biserica Sf. Ionica, restaurantul „Enescu”, hanul Kretzulescu, Pasajul roman si altele. Aspectul actual al zonei se dateaza din anii 1960 cand au fost conturate cladirile existente.