Anterior construcţiei actuale, se pare, la sfârşitul secolului XVII sau începutul secolului XVIII, se afla cam la 10 metri spre sud de biserica actuala, o altă biserică de lemn ce avea hramul Cuvioasa Parascheva, al cărui drept ctitor se pomeneşte de Bănică Bogasieru. Această biserică care exista în mahalaua Popa Rusu este amintită în anii 1718, 1776, 1796 şi 1810.

Numele de „Biserica Popa Rusu” i-a fost dat după un preot „popă rus”, care a slujit la ea, nume preluat şi de mahalaua dimprejurul ei. Acest „popă rus”, rămas în Bucureşti după unul din războiele ruso-turce, a înfiinţat un cor şi l-a dirijat la biserica Sf. Anton – Curtea Veche pe la anul 1700.În anul 1813, martie 17, a fost zidită din cărămidă actuala biserică, ctitoria lui Manolache – vătaful harabagiilor – şi soţia sa Ilinca, zugraviţi în pronaos pe peretele de sud, ţinând în mâini biserica. La început biserica avea două turle egale pe naos şi pornaos (care ulterior s-au refăcut) cu accesul la turnul clopotniţei printr-o scară zidită în exterior, ataşată la peretele de nord al pronaosului.

În anul 1905 – la prima sa vizită în această biserică – făcută de marele scriitor şi istoric N. Iorga, acesta găseşte aşezată undeva în curtea bisericii, pisania care fusese deasupra uşii de la intrare, care cuprindea numele ctitorilor: Manolache, Ilinca, Safta, Voica, Maria, Andrei iereu, Teodor iereu, Dana prezbitera, Păuna prezbitera, Ilinca, Stan, datată anul 1813 martie 17, iar la a doua vizită a sa făcută în anul 1909, biserica era în ruină şi se găsea îngropată sub nivelul străzii.

În anul 1867 şi 1890 biserica a fost reparată – refăcându-i-se unele temelii exterioare. Aceste reparaţii din 1867 şi 1890, cât şi stadiul ulterior la care a ajuns biserica în anul 1909, s-au petrecut în timpul păstoririi preotului Anton Mihăescu (1867 - 1918). Slabele posibilităţi materiale ale parohiei s-au datorat în parte şi numărului mic de enoriaşi, ceea ce a condus, pentru un timp (1918 - 1925), ca biserica să fie ataşată ca filială la biserica Popa Chiţu.

În anul 1915 biserica a fost restaurată mai amplu: s-au mărit şi înălţat ferestrele, s-a renovat pictura, s-a renovat catapeteasma şi s-au făcur repaţii exterioare la temelii.În anul 1925 s-a construit pridvorul deschis cu coloane şi cafasul pentru cor, practicându-se o deschidere în partea superioară a peretelui despărţitor pronaos – pridvor. Pictura a fost renovată de pictorul Grigore Pelinescu, care a pictat iniţial şi pridvorul deschis.

În anul 1943, după cutremurul din anul 1940, turla de pe naos şi turnul-clopotniţă, aflat deasupra pronaosului, s-au reparat. Cu această ocazie, turnul-clopotniţă a fost mutat pe vechiul pridvor, având intrarea de acces prin interiorul bisericii.