Primele menţiuni despre justiţia militară, ca instituţie distinctă de justiţia civilă, le regăsim în perioada anilor 1772 – 1779 – Legile militare – pravilele ostăşeşti find de origine bizantină. Potrivit acestor regulamente au fost organizate două judecătorii militare: una cu competenţă de a judeca faptele ostăşeşti şi câteva fapte politice de mică importanţă; cea de-a doua – Val  Spătar – putea doar să judece, dar hotărârea o lua Domnul.

Alte dispoziţii privind justitia militara regăsim în Regulamentul Organic din 1812 – cap.IX, partea a IV-a:

„ Aşezământul judecătoresc şi disciplinesc”.

Potrivit acestora justiţia militară soluţiona infractiunile comise de militarii de toate gradele, precum şi de funcţionarii armatei, dacă aveau legătură cu exercitarea serviciului.

După Revoluţia din 1848 s-a elaborat „Condica penală ostăşească cu procedura ei „ şi osebit supliment pentru „starea de împresurare”. Acestea aveau 475 articole fiind grupate în două părţi. Toate instanţele erau compuse din ofiţeri, şedinţa de judecată avea caracter solemn.

           În 1873 sub influenţa franceză s-a adoptat „Codul justiţiei militare”, acesta  fiind modificat succesiv până în 1881, fiind apoi aplicat până în 20 mai 1937.

În 1937 a fost adoptat noul cod al justiţiei militare creându-se sistemul – Consilii de disciplină, tribunale militare, curţi militare de casare şi justiţie. Pentru timp de război funcţionau Curţi marţiale, Curtea militară de casare şi justiţie şi instituţia pretorului militar. Reglementările şi procedura erau puse de acord cu Codul de Procedură Penală.

             După cel de-al doilea război mondial, instantele judecatoresti militare au fost organizate prin Legea nr.7/1952 – privind organizarea instanţelor şi procuraturilor militare şi au funcţionat potrivit acesteia până în 1993.

Prin Legea nr.54/1993 a fost reorganizată justitia militara. Legea nr.54/1993 se completa cu disp.Legii nr.92/1992 privind organizarea judiciară dispoziţiile acesteia aplicându-se şi instanţelor şi parchetelor militare.

Noile realităţi politice şi sociale de după anul 1989 au pus în discuţie independenta judecatorului militar, deoarece acesta are şi calitatea de militar – ofiter al fortelor armate şi trebuie să respecte regulamentele şi ordinele militare. C.E.D.O. a condamnat România în cauzele : Barbu Anghelescu împotriva  România, Bursuc împotriva România, Maszni împotriva România. Prin modificările legii nr.304/2004 privind organizarea judiciară – O.U.G. nr.124/2004, Legea nr.71/2005, Legea nr.247/2005, Legea nr.17/2006, O.U.G. nr.50/2006, instanţele militare au fost organizate similar instanţelor civile, pe baza aceloraşi reguli.

Potrivit art.2 alin.2 justitia se realizează prin instantele judecatoresti:

a-f. Activitatea instantelor militare este reglementata în cap.3 instanţe militare – art.56 – 61; similar cu cea a instantelor civile atât din punct de vedere organizatoric administrativ cât şi din punct de vedere judiciar.

          Aceste dispoziţii se completează cu cele din Legea nr.303/2004 republicată privind statutul magistratilor.

Potrivit dispoztiilor legii magistraţii militari au calitatea de ofiteri activi, îşi primesc drepturile de la Ministerul Apararii Nationale şi au obligaţia de a respecta ordinele şi regulamentele militare, dar potrivit dispoziţiilor art.98 alin.2 răspunderea disciplinară a judecătorilor militari poate fi angajată numai potrivit acestei legi şi în faţa Consiliului Superior al Magistraturii.

De asemeni datorită specificului activitatii controlul acesteia poate fi efectuat de către Consiliul Superior al Magistraturii în aceleaşi condiţii ca la instantele civile.