Activitatea Institutului European din România este coordonată de către Consiliul de Administraţie. Institutul European din România este condus de directorul general, asistat de Consiliul Ştiinţific Consultativ Consiliul de administraţie  

Consiliul de Administraţie (CA) al IER este format din nouă membri, numiţi conform dispoziţiilor art. 8 din OG 15/1998 privind Institutul European din România, cu modificările şi completările ulterioarePreşedintele CA, împreună cu patru membri sunt numiţi de Primul-ministru, la propunerea secretarului de stat care coordonează Departamentul pentru Afaceri Europene. Academia Română, Parlamentul României prin Comisia pentru Afaceri Europene, confederaţiile sindicale şi organizaţiile patronale reprezentative la nivel national, vor desemna câte un membru al CA.Atribuţiile CA sunt: - aprobă strategia şi proiectele Institutului European din România; - îl numeşte şi îl revocă pe directorul general al Institutului European din România; - dezbate programul anual, care se supune aprobării Departamentului pentru Afaceri Europene, la propunerea directorului general;- dezbate raportul anual al Institutului European din România, la propunerea directorului general, şi îl supune aprobării Departamentului pentru Afaceri Europene;- dezbate proiectul bugetului anual de venituri şi cheltuieli, care se supune aprobării Departamentului pentru Afaceri Europene, la propunerea directorului general, precum şi execuţia bugetară din anul anterior; - aprobă raportul directorului general privind descărcarea de gestiune a acestuia pentru perioada analizată; - aprobă structura organizatorică, statutul şi regulamentul de organizare şi funcţionare ale Institutului European din România; - avizează colaborarea cu organizaţii interne şi internaţionale, precum şi afilierea la organizaţii internaţionale.In prezent, CA este format din următorii membri:- Florin Pogonaru, preşedintele Consiliului de Administraţie al IER, - Lucian Croitoru,- Smaranda Enache,- Emil Hurezeanu,- acad. Răzvan Theodorescu,- acad. Florin Filip, reprezentantul Academiei Române,- Costel Olteanu, reprezentantul organizaţiilor patronale la nivel naţional,- Gheorghe Simion, reprezentantul confederaţiilor sindicale la nivel naţional,- Dan Darabont, reprezentantul Comisiei pentru Afaceri Europene, Parlamentul României.

În şedinţa din 28 iulie 2010, Consiliul de Administrație al IER a decis acordarea titlului onorific de Președinte de Onoare al IER domnului Leonard Orban, Consilier prezidențial pentru afaceri europene, fost Membru al Comisiei Europene. 

 Consiliul Ştiinţific Consultativ  Consiliul Ştiinţific Consultativ (CSC) al Institutului European din România este format din cel mult nouă membri, numiţi de către directorul general pe o perioada de patru ani. Membrii CSC sunt personalităţi ale vieţii publice cu o pregătire profesională şi experienţă vastă în domeniile pe care le reprezintă.Consiliul Ştiinţific Consultativ, în afară de contribuţia pe care şi-o aduce la elaborarea strategiei pe termen mediu şi lung şi a programelor anuale de activitate ale Institutului, este şi un forum de dezbateri referitoare la procesul de integrare europeană. Activitatea membrilor CSC constă în participarea la reuniuni plenare ale Consiliului (trimestrial de obicei), evaluarea unor lucrări de cercetare/informare elaborate în cadrul Institutului European din România, participarea ca moderatori sau lectori la seminarii şi conferinţe organizate de Institut etc.In prezent, Consiliul Ştiinţific Consultativ este format din următorii membri:- academician Tudorel Postolache (preşedinte de onoare)- prof.univ.dr. Florin Bonciu, - Ambasador Lazăr Comănescu, - prof.univ.dr. Olimpiu Crauciuc, - dr. Valentin Lazea, - prof.univ.dr. Dumitru Miron, - prof.univ.dr. Constantin Gurgu Munteanu, - dr. Liviu Mureşan,- acad. Gheorghe Zaman.

 Echipa Gabriela Drăgan Director general telefon interior: 110gabriela.dragan@ier.ro