Institutul are în subordinea sa

Laboratorul Interjudetean de Expertize Criminalistice Bucureşti,

Laboratorul Interjudetean de Expertize Criminalistice Braşov,

Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Cluj,

Laboratorul Interjudetean de Expertize Criminalistice Craiova,

Laboratorul Interjudetean de Expertize Criminalistice Iaşi şi

Laboratorul Interjudetean de Expertize Criminalistice Timişoara.

Laboratoarele interjudeţene de expertize criminalistice efectuează prima expertiză, potrivit competenţei lor materiale şi teritoriale, astfel :

- Laboratorul Interjudetean de Expertize Criminalistice Bucureşti (judeţele Brăila, Buzău, Călăraşi, Constanţa, Dâmboviţa, Galaţi, Giurgiu, Ialomiţa, Ilfov, Prahova, Teleorman, Tulcea, Vrancea şi Municipiul Bucureşti),

- Laboratorul Interjudetean de Expertize Criminalistice Braşov (judetele Argeş, Braşov, Covasna, Harghita, Mureş şi Vâlcea);- Laboratorul Interjudetean de Expertize Criminalistice Cluj (judetele Alba, Bistriţa-Năsăud, Cluj, Hunedoara, Maramureş, Sălaj şi Sibiu);

- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Craiova (judeţele Dolj, Gorj, Mehedinţi şi Olt);

- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Iasi (judeţele Bacău, Botoşani, Iaşi, Neamţ, Suceava şi Vaslui) si

- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Timisoara (judeţele Arad, Bihor, Caraş Severin, Satu Mare şi Timiş).