Secţia este situată la etajul V al clădirii şi este dedicată patologiei respiratorii (bronşiolite, pneumonii, pneumonii abcedante), infecţiilor sistemice, comelor de diverse etiologii, convulsiilor şi stărilor de rău convulsiv, intoxicaţiilor.

Secţia cuprinde şi un Compartiment de Cardiologie Pediatrică unde sunt investigate şi tratate cardiopatiile congenitale, atât înainte de a fi îndrumate către un serviciu de chirurgie cardiovasculară, cât şi postoperator.

Există de asemenea în cadrul secţiei şi un sector ce se ocupă de diagnosticul şi tratamentul bolilor de colagen la copii (artrite juvenile, lupus eritematos, etc.).